Tuy nhiên thời kì này, ông làm vua cũng chỉ là bù nhìn, triều đình trong tay Trịnh Giang. Thuần Tông ngôi khá ngắn ngủi chỉ được 4 năm, thọ 37 tuổi, mất tháng 4 năm 1735 và sau khi băng được quần thần dâng tôn thụy hiệu là Thuần Tông Giản Hoàng đế.

Hoàng thân Lê Duy Mật, em của Lê Thuần Tông, người đã khởi binh chống lại chính quyền Trịnh năm 1740, đã đặt nghi vấn rằng Lê Thuần Tông bị Trịnh Giang đầu độc. Con trưởng của ông và Nhu Thuận Giản Hoàng hậu Đào Thị Ngọc Liễu là Lê Duy Diêu sau này là Lê Hiển Tông ở ngôi 47 năm là vua thọ nhất trong 356 năm nhà Hậu Lê. vua Lê Thuần Tông được an táng.ở Lăng Bình Ngô xã Chuẩn Xuyên huyện Thụy Nguyên.